เมนบอร์ด GIGABYTE X99 มาพร้อมสุดยอดระบบการเชื่อมต่อระดับแนวหน้า ที่ให้ประสิทธิภาพระดับสูง เรียกว่า GIGABYTE Thunderbolt™ add-in card. โดย Thunderbolt™ controller จะให้ bandwidth ที่สูงถึง 20 Gb/s, เร็วกว่าแบบเดิมที่ให้ความเร็วในระดับ 10 Gb/s. ช่วยทำให้การโอนถ่ายข้อมูลมีความเร็วแบบไม่น่าเชื่อ เมื่อมีการใช้อุปกรณ์จัดเก็บข้อมูลที่มีประสิทธิภาพสูง นอกจากนั้นยังรองรับ daisy-chaining สูงสุดถึง 12 อุปกรณ์ และรองรับมอนิเตอร์ในแบบ triple digital display อีกด้วย